Завершение карьеры
В 1995 году дуэт Нейссена и Сука распался и новым партнёром Нейссена стал другой нидерландский игрок, Менно Остинг. В течение полугода они выступали вместе, но выше полуфиналов не доходили, и конец сезона Нейссен провёл в поисках более удачной пары. Первую половину следующего сезона его партнёром был Грег ван Эмбург из США, с которым они один раз дошли до финала в Оэйраше, а с мая — ещё один голландец, Том Кемперс. В эти два года, несмотря на отсутствие серьёзных успехов, Нейссен постоянно оставался игроком Top-100 в парном разряде и выбыл из первой сотни только в сентябре 1997 года, после того, как с марта не выигрывал ни на одном турнире больше одной игры. После этого он дважды вышел в полуфинал в Тулузе и Сантьяго и вернулся в число ста сильнейших игроков мира. Свой последний финал турнира АТР он провёл в самом начале 1998 года в Окленде (Новая Зеландия) с Джеффом Таранго из США, после чего снова началась череда неудачных выступлений, и после Уимблдонского турнира Нейссен распрощался с профессиональным теннисом.
Тренерская карьера
После окончания активных выступлений Том Нейссен занялся тренерской работой. Он сотрудничает с теннисными клубами в Амерсфорте, Дутинхеме и Апелдорне. В амерсфортском клубе ALTA, где он продолжал играть во внутреннем первенстве Нидерландов до 2008 года, в честь Нейссена назван один из кортов.
Участие в финалах турниров Большого шлема в смешанном парном разряде (4)
Победы (2)
| Год | Турнир | Покрытие | Партнёр | Соперники в финале | Счёт в финале |
| 1989 | Открытый чемпионат Франции | Грунт | Манон Боллеграф | Аранча Санчес-Викарио Орасьо де ла Пенья | 6-3, 6-7(3), 6-2 |
| 1991 | Открытый чемпионат США | Хард | Манон Боллеграф | Аранча Санчес-Викарио Эмилио Санчес | 6-2, 7-6(2) |
Поражения (2)
| Год | Турнир | Покрытие | Партнёр | Соперники в финале | Счёт в финале |
| 1992 | Открытый чемпионат США | Хард | Гелена Сукова | Николь Провис Марк Вудфорд | 6-4, 3-6, 3-6 |
| 1993 | Уимблдонский турнир | Трава | Манон Боллеграф | Мартина Навратилова Марк Вудфорд | 3-6, 4-6 |
Участие в финалах турниров ATP в мужском парном разряде (25)
| Легенда |
| Турниры Большого шлема (0) |
| Чемпионат мира ATP (0) |
| ATP Championship Series, Single Week (2) |
| АТР Gold / АТР Championship Series (5) |
| АТР-тур (10) |
| Гран-при (8) |
Победы (11)
| № | Дата | Турнир | Покрытие | Партнёр | Соперники в финале | Счёт в финале |
| 1. | 20 окт 1987 | Seiko Super Tennis, Токио, Япония | Ковёр | Бродерик Дайк | Джим Грэбб Сэмми Джаммалва | 6-3, 6-2 |
| 2. | 22 фев 1988 | Мец, Франция | Ковёр | Ярослав Навратил | Рилл Бакстер Ндука Одизор | 6-2, 6-7, 7-6 |
| 3. | 10 окт 1988 | Тулуза, Франция | Хард (i) | Рики Остерхун | Мансур Бахрами Ги Форже | 6-3, 6-4 |
| 4. | 21 ноя 1988 | Брюссель, Бельгия | Ковёр | Уолли Мазур | Джон Фицджеральд Томаш Шмид | 7-5, 7-6 |
| 5. | 30 сен 1991 | Тулуза (2) | Хард (i) | Цирил Сук | Джереми Бейтс Кевин Каррен | 4-6, 6-3, 7-6 |
| 6. | 14 окт 1991 | Grand Prix de Tennis de Lyon, Франция | Ковёр | Цирил Сук | Стив Девриз Дэвид Макферсон | 7-6, 6-3 |
| 7. | 17 фев 1992 | Eurocard Open, Штутгарт, Германия | Ковёр | Цирил Сук | Джон Фицджеральд Андерс Яррид | 6-3, 6-7, 6-3 |
| 8. | 28 сен 1992 | Swiss Indoors, Базель | Хард (i) | Цирил Сук | Карел Новачек Давид Рикл | 6-3, 6-4 |
| 9. | 19 июл 1993 | Mercedes Cup, Штутгарт | Грунт | Цирил Сук | Гэри Мюллер Пит Норвал | 7-6, 6-3 |
| 10. | 3 янв 1994 | Оаху, Гавайи, США | Хард | Цирил Сук | Алекс О’Брайен Джонатан Старк | 6-4, 6-4 |
| 11. | 7 фев 1994 | Milan Indoor, Италия | Ковёр | Цирил Сук | Хендрик-Ян Давидс Пит Норвал | 4-6, 7-6, 7-6 |
