Хотя Шуттлер продолжал постоянно выступать и после этого, основная часть его активности приходилась на «челленджеры». В 2010 году он дважды доходил на турнирах этого уровня до финала, а его лучшим результатом в турнирах АТР стал выход в полуфинал турнира в Лондоне, по пути к которому он обыграл 20-ю ракетку мира Гаэля Монфиса. За следующий сезон на его счету были три финала «челленджеров» в одиночном разряде, в одном из которых (в Астане) он добился победы, в то время как на турнирах АТР и Большого шлема ему не удавалось выйти дальше второго круга. Свой последний матч Шюттлер провёл в квалификации Открытого чемпионат Австралии 2012 года. Немец проиграл во втором круге Александру Кудрявцеву 6-7(7), 6-0, 6-8. Затем он никак не мог набрать форму после травмы паха и в октябре объявил о завершении своей 17-летней карьеры.
В конце 2016 года, в возрасте 40 лет, Шуттлер принял участие в розыгрыше Международной теннисной премьер-лиги (IPTL) в разряде «легенд» и завоевал чемпионский титул в составе команды «Сингапур Сламмерс».
Рейтинг на конец года
| Год | Одиночный рейтинг | Парный рейтинг |
| 2012 | 855 | |
| 2011 | 132 | 323 |
| 2010 | 84 | 243 |
| 2009 | 85 | 151 |
| 2008 | 33 | 99 |
| 2007 | 99 | 69 |
| 2006 | 97 | 74 |
| 2005 | 88 | 53 |
| 2004 | 42 | 72 |
| 2003 | 6 | 73 |
| 2002 | 33 | 144 |
| 2001 | 43 | 135 |
| 2000 | 45 | 199 |
| 1999 | 48 | 424 |
| 1998 | 124 | 276 |
| 1997 | 117 | 428 |
| 1996 | 332 | 660 |
| 1995 | 446 | 752 |
| 1994 | 768 | 1 077 |
Выступления на турнирах
Финалы турниров Большого шлема в одиночном разряде (1)
Поражения (1)
| № | Год | Турнир | Покрытие | Соперник в финале | Счёт |
| 1. | 2003 | Открытый чемпионат Австралии | Хард | Андре Агасси | 2-6 2-6 1-6 |
Финалы турниров ATP в одиночном разряде (12)
Победы (4)
| Титулы |
| Турниры Большого шлема (0) |
| Олимпийские игры (0) |
| Кубок Мастерс / Финал мирового тура (0) |
| Серия Мастерс (0) |
| ATP International Gold (1+1) |
| ATP International (3+3) |
| Титулы по покрытиям | Титулы по месту проведения матчей турнира |
| Хард (3+1) | Зал (1) |
| Грунт (0+3) |
| Трава (0) | Открытый воздух (3+4) |
| Ковёр (1) |
| № | Дата | Турнир | Покрытие | Соперник в финале | Счёт |
| 1. | 10 января 1999 | Доха, Катар | Хард | Тим Хенмен | 6-4 5-7 6-1 |
| 2. | 23 сентября 2001 | Шанхай, Китай | Хард | Мишель Кратохвил | 6-3 6-4 |
| 3. | 5 октября 2003 | Токио, Япония | Хард | Себастьян Грожан | 7-6(5) 6-2 |
| 4. | 12 октября 2003 | Лин, Франция | Ковёр(i) | Арно Клеман | 7-5 6-3 |
Поражения (8)
| № | Дата | Турнир | Покрытие | Соперник в финале | Счёт |
| 1. | 11 апреля 1999 | Ченнаи, Индия | Хард | Байрон Блэк | 4-6 6-1 3-6 |
| 2. | 9 января 2000 | Доха, Катар | Хард | Фабрис Санторо | 6-3 5-7 0-3 — отказ |
| 3. | 30 сентября 2001 | Гонконг | Хард | Марсело Риос | 6-7(3) 2-6 |
| 4. | 28 октября 2001 | Санкт-Петербург, Россия | Хард(i) | Марат Сафин | 6-3 3-6 3-6 |
| 5. | 5 мая 2002 | Мюнхен, Германия | Грунт | Юнес эль-Айнауи | 4-6 4-6 |
| 6. | 26 января 2003 | Открытый чемпионат Австралии | Хард | Андре Агасси | 2-6 2-6 1-6 |
| 7. | 14 сентября 2003 | Баия, Бразилия | Хард | Шенг Схалкен | 2-6 4-6 |
| 8. | 25 апреля 2004 | Монте-Карло, Монако | Грунт | Гильермо Кориа | 2-6 1-6 3-6 |
