В 2003 году Палмер сменил ряд партнёров, больше всего выступая с Джонсоном, Джошуа Иглом из Австралии и Давидом Риклом из Чехии, но ни с кем из них не достиг значительных успехов. Его лучшими достижениями стали два финала турниров АТР (в Мюнхене и Ноттингеме) с Иглом и четвертьфинал Открытого чемпионата Австралии с Джонсоном, а также победа с Риклом в первом круге турнира в Мадриде над первой парой мира, братьями Бобом и Майком Брайанами. К концу года Палмер опустился в рейтинге за пределы первой двадцатки.
На следующий год партнёром Палмера стал чех Павел Визнер. За год они выиграли три турнира и дошли до полуфинала турнира серии Masters в Цинциннати, но этого оказалось недостаточно, чтобы попасть в число сильнейших пар мира, разыгрывавших Кубок Мастерс в конце сезона. В итоге перед сезоном 2005 года они расстались, и Палмер снова начал менять партнёров. Он выступал с Мартином Даммом в начале года, с Грейдоном Оливером в середине и с Тревисом Пэрроттом ближе к концу, но только один раз, в Ноттингеме, дошёл до полуфинала. В итоге после Открытого чемпионата США Палмер принял решение о завершении игровой карьеры. В 2006 году он вернулся в Стэнфордский университет, чтобы закончить учёбу и получить учёную степень по истории.
Место в рейтинге в конце года
| Год | Одиночный разряд | Парный разряд |
| 2005 | | 160 |
| 2004 | | 22 |
| 2003 | | 24 |
| 2002 | | 9 |
| 2001 | 1383 | 4 |
| 2000 | 357 | 7 |
| 1999 | 437 | 6 |
| 1998 | 174 | 86 |
| 1997 | 892 | 506 |
| 1996 | 214 | 82 |
| 1995 | 125 | 14 |
| 1994 | 36 | 11 |
| 1993 | 105 | 43 |
| 1992 | 149 | 25 |
| 1991 | 427 | 141 |
Участие в финалах турниров Большого шлема за карьеру (6)
Мужской парный разряд (4)
Победы (2)
| Год | Турнир | Партнёр | Соперники в финале | Счёт в финале |
| 1995 | Открытый чемпионат Австралии | Ричи Ренеберг | Даниэль Нестор Марк Ноулз | 6-3, 3-6, 6-3, 6-2 |
| 2001 | Уимблдонский турнир | Дональд Джонсон | Иржи Новак Давид Рикл | 6-4, 4-6, 6-3, 7-6(6) |
Поражения (2)
| Год | Турнир | Партнёр | Соперники в финале | Счёт в финале |
| 1999 | Уимблдонский турнир | Паул Хархёйс | Махеш Бхупати Леандер Паес | 6-7(10), 6-3, 6-4, 7-6(4) |
| 2001 | Открытый чемпионат США | Дональд Джонсон | Уэйн Блэк Кевин Ульетт | 7-6(9), 2-6, 6-3 |
Смешанный парный разряд (2)
| Год | Турнир | Партнёр | Соперники в финале | Счёт в финале |
| 2000 | Открытый чемпионат Австралии | Ренне Стаббз | Аранча Санчес-Викарио Тодд Вудбридж | 7-5, 7-6(3) |
| 2000 | Открытый чемпионат США | Аранча Санчес-Викарио | Анна Курникова Максим Мирный | 6-4, 6-3 |
Титулы за карьеру (31)
| Легенда |
| Большой шлем (4) |
| Кубок Мастерс (0) |
| Mercedes Super 9 (1) |
| ATP Championship Series / ATP Gold (6) |
| ATP World / ATP International (20) |
Одиночный разряд (1)
| Дата | Турнир | Покрытие | Соперник в финале | Счёт в финале |
| 2 мая 1994 | Пайнхерст, Северная Каролина, США | Грунт | Тодд Мартин | 6-4, 7-6(5) |
