На Олимпиаде в Афинах Малеева в третий раз представляла Болгарию, теперь только в одиночном разряде, и на этот раз выбыла из борьбы уже во втором круге. В феврале этого года, занимая 31 место в рейтинге, она победила в четвертьфинале турнира I категории в Японии девятую ракетку мира Ай Сугияму; в финале её переиграла Дэвенпорт, шестая ракетка мира. На том же турнире она в паре с Еленой Лиховцевой также дошла до финала. В начале 2005 года Малеева, также с Лиховцевой, выиграла свой последний турнир в парах. После 16 лет в профессиональном теннисе она прекратила участие в состязаниях в октябре 2005 года. Последнее участие в турнирах состоялось в Цюрихе, где она уступила Патти Шнидер в своей 729-й игре в карьере профессионального теннисиста.
2010
В конце сентября 2010 года Малеева вошла в число участников болгарского национального чемпионата. Магдалена выиграла это соревнование (стоит отметить, что в турнире не принимала участие единственная конкурентноспособная теннисистка Болгарии тех лет Цветана Пиронкова).
Участие в финалах турниров WTA
| Легенда |
| Большой шлем |
| Чемпионат WTA-тура |
| I категория |
| II категория |
| III категория |
| IV и V категория |
Одиночный разряд (21)
Победы (10)
| № | Дата | Турнир | Покрытие | Соперница в финале | Счёт в финале |
| 1. | 26 июл 1992 | Открытый чемпионат Сан-Марино | Грунт | Федерика Бонсиньори | 7–63, 6–4 |
| 2. | 25 сен 1994 | Moscow Ladies Open, Россия | Ковёр | Сандра Чеккини | 7–5, 6–1 |
| 3. | 9 окт 1994 | Barilla Indoors, Цюрих, Швейцария | Ковёр | Наталья Зверева | 7–5, 3–6, 6–4 |
| 4. | 12 фев 1995 | Чикаго, США | Ковёр | Лиза Реймонд | 7–5, 7–6 |
| 5. | 24 сен 1995 | Moscow Ladies Open (2) | Ковёр | Елена Макарова | 6–4, 6–2 |
| 6 | 5 ноя 1995 | Bank of the West Classic, Окленд, Калифорния, США | Ковёр | Ай Сугияма | 6–3, 6–4 |
| 7. | 21 ноя 1999 | Volvo Women’s Open, Паттайя, Таиланд | Хард | Анна Кремер | 4–6, 6–1, 6–2 |
| 8. | 22 апр 2001 | Colortex Budapest Grand Prix, Венгрия | Грунт | Анна Кремер | 3–6, 6–2, 6–4 |
| 9. | 6 окт 2002 | Кубок Кремля, Москва | Ковёр | Линдсей Дэвенпорт | 5–7, 6–3, 7–6 |
| 10. | 15 июн 2003 | DFS Classic, Бирмингем, Великобритания | Трава | Синобу Асагоэ | 6–1, 6–4 |
Поражения (11)
| № | Дата | Турнир | Покрытие | Соперница в финале | Счёт в финале |
| 1. | 22 апр 1991 | Открытый чемпионат Хорватии, Бол | Грунт | Сандра Чеккини | 4–6, 6–3, 5–7 |
| 2. | 4 янв 1993 | Брисбен, Австралия | Хард | Кончита Мартинес | 3–6, 4–6 |
| 3. | 27 мар 1995 | Хилтон-Хед-Айленд, Ю. Каролина, США | Грунт | Кончита Мартинес | 1–6, 1–6 | |
| 4. | 15 мая 1995 | Открытый чемпионат Германии, Берлин | Грунт | Аранча Санчес-Викарио | 4–6, 1–6 |
| 5. | 25 сен 1995 | Лейпциг, Германия | Ковёр | Анке Хубер | Без игры |
| 6. | 20 мая 1996 | Мадрид, Испания | Грунт | Яна Новотна | 6–4, 4–6, 3–6 |
| 7. | 25 сен 2000 | SEAT Open, Люксембург | Ковёр | Дженнифер Каприати | 6–4, 1–6, 4–6 |
| 8. | 12 фев 2001 | Ницца, Франция | Ковёр | Амели Моресмо | 2–6, 0–6 |
| 9. | 24 сен 2001 | Sparkassen Cup, Лейпциг, Германия (2) | Ковёр(i) | Ким Клейстерс | 1–6, 1–6 |
| 10. | 21 окт 2002 | SEAT Open, Люксембург (2) | Хард (I) | Ким Клейстерс | 1–6, 2–6 |
| 11. | 3 фев 2004 | Toray Pan Pacific Open, Токио, Япония | Ковёр | Линдсей Дэвенпорт | 4–6, 1–6 |
