В мае 2006 года на Открытом чемпионате Туниса — турнире класса «челленджер» — эль-Айнауи после двухгодичного перерыва удалось дойти до финала профессионального турнира, но там он без борьбы уступл алжирцу Ламину Уахабу. В сентябре он ещё раз проиграл в финале «челленджера» — теперь в испанской Таррагоне. В апреле 2007 года он, наконец, выиграл «челленджер» в Марракеше, где для победы ему понадобилось обыграть лишь одного соперника из первой сотни рейтинга — Янко Типсаревича, занимавшего место недалеко от сотого. В мае 2008 года эль-Айнауи, которому тогда уже было 36 лет, преодолев квалификационный отбор, неожиданно дошел до полуфинала на турнире в Мюнхене, где побеждал за шесть лет до этого. Юнес в четвертьфинале победил молодого и прогрессирующего аргентинца Хуана Мартина дель Потро со счетом 6-4, 6-4, в полуфинале в упорном матче уступив будущему чемпиону чилийцу Фернандо Гонсалесу — 6-3, 4-6, 3-6. Он стал самым старым с 1993 года полуфиналистом турнира АТР, уступая только Джимми Коннорсу.
Последним в карьере эль-Айнауи стал в январе 2010 года турнир в Дохе, который он выигрывал в 2002 году. На этот турнир эль-Айнауи, фактически завершивший выступления более чем за год до этого, получил от организаторов wild card и не подвёл их, победив в первом круге и став самым старым с 1995 года игроком, выигравшим матч в турнирах АТР. В матче второго круга он уступил бельгийцу Стиву Дарси.
Участие в финалах турниров АТР за карьеру (16)
Одиночный разряд (16)
Победы (5)
| Легенда |
| Большой шлем (0) |
| Чемпионат мира АТР / Кубок Мастерс (0) |
| Mercedes Super 9 / ATP Masters (0) |
| ATP Gold (0) |
| ATP World / ATP International (5) |
| № | Дата | Турнир | Покрытие | Соперник в финале | Счёт в финале |
| 1. | 2 авг 1999 | Открытый чемпионат Нидерландов, Амстердам | Грунт | Мариано Сабалета | 6-0, 6-3 |
| 2. | 16 сен 2001 | Открытый чемпионат Румынии, Бухарест | Грунт | Альберт Монтаньес | 7-65, 7-62 |
| 3. | 31 дек 2001 | Доха, Катар | Хард | Феликс Мантилья | 4-6, 6-2, 6-2 |
| 4. | 15 апр 2002 | Касабланка, Марокко | Грунт | Гильермо Каньяс | 3-6, 6-3, 6-2 |
| 5. | 29 апр 2002 | Мюнхен, Германия | Грунт | Райнер Шуттлер | 6-4, 6-4 |
Поражения (11)
| № | Дата | Турнир | Покрытие | Соперник в финале | Счёт в финале |
| 1. | 15 мар 1993 | Касабланка, Марокко | Грунт | Гильермо Перес-Рольдан | 4-6, 3-6 |
| 2. | 1 янв 1996 | Доха, Катар | Хард | Петр Корда | 6-75, 6-2, 6-75 |
| 3. | 8 янв 1996 | Открытый чемпионат Индонезии, Джакарта | Хард | Шенг Схалкен | 3-6, 2-6 |
| 4. | 29 июл 1996 | Открытый чемпионат Нидерландов, Амстердам | Грунт | Франсиско Клавет | 5-7, 1-6, 1-6 |
| 5. | 9 ноя 1998 | Сантьяго, Чили | Грунт | Франсиско Клавет | 2-6, 4-6 |
| 6. | 6 мар 2000 | Богота, Колумбия | Грунт | Мариано Пуэрта | 4-6, 6-75 |
| 7. | 16 июл 2001 | Открытый чемпионат Нидерландов (2) | Грунт | Алекс Корретха | 3-6, 7-5, 6-70, 6-3, 4-6 |
| 8. | 15 окт 2001 | Лион, Франция | Ковёр | Иван Любичич | 3-6, 2-6 |
| 9. | 25 фев 2002 | Дубай, ОАЭ | Грунт | Фабрис Санторо | 4-6, 6-3, 3-6 |
| 10. | 8 июл 2002 | Открытый чемпионат Швеции, Бостад | Грунт | Карлос Мойя | 4-6, 3-6 |
| 11. | 7 апр 2003 | Касабланка (2) | Грунт | Жюльен Бутте | 2-6, 6-2, 1-6 |
