24 июля 2015 года Торнтон, ставший свободным агентом, подписал однолетний минимальный ветеранский контракт с клубом «Хьюстон Рокетс», по которому его зарплата составит 1,2 млн долларов. «Рокетс» стали его шестой командой за семь лет, проведённых в НБА. В «Хьюстоне» Торнтон сразу же оказался в стартовой пятёрке из-за отсутствия основного форварда команды Терренса Джонса. В первых матчах он демонстрировал высокую результативность (16,6 очков в первых семи матчах) при хорошем проценте реализации бросков с игры и был удостоен похвалы от тренера Кевина Макхейла, отметившего помимо точных бросков ещё хороший пас и умение Торнтона играть в персональной защите. После возвращения Джонса в строй Маркус потерял место в стартовой пятёрке, его игровое время затем уменьшилось, поскольку тренер предпочитал ему более ориентированных на игру в обороне игроков. За 47 игр, проведённых в составе «Рокетс», Торнтон набирал в среднем 10 очков. 18 февраля 2016 года Торнтон был отправлен в «Детройт Пистонс» в результате трёхсторонней сделки с участием «Хьюстона» и «Филадельфии». Однако 22 февраля обмен был отменён, поскольку у перешедшего вместе с Торнтоном в «Детройт» Донатаса Мотеюнаса на медосмотре обнаружилась травма спины. Маркус вернулся в распоряжение «Хьюстона», но уже 26 февраля был отчислен из команды.
9 марта 2016 года Торнтон подписал с «Вашингтон Уизардс» контракт, действительный до конца сезона. Маркус стал в команде сменщиком основного атакующего защитника Брэдли Била и принял участие в оставшихся 14 матчах сезона 2015/2016, набирая в среднем за игру 8,4 очка и делая 2,5 подбора. В июле 2016 года Торнтон заключил с «Уизардс» новый годичный контракт, согласившись на минимальную ветеранскую зарплату. В сезоне 2016/2017 Торнтон сыграл 33 матча, набирая в среднем за игру 6,6 очка. 22 февраля «Уизардс» обменяли Маркуса вместе с Эндрю Николсоном и правом выбора в первом раунде драфта 2017 года в «Бруклин Нетс» на Бояна Богдановича и Криса Маккаллоха. На следующий день «Нетс» отчислили Торнтона из команды.
Статистика
В колледже | Сезон | Команда | И | ИС | МИН | ПП% | 3О% | ШБ% | ПДБ | ПРД | ПРХ | БЛ | ПФ | ПТР | ОЧК |
| 2007/2008 | ЛСЮ | 31 | 30 | 33,6 | 43,6 | 37,7 | 81,7 | 5,6 | 1,4 | 1,4 | 0,3 | 2,0 | 2,2 | 19,6 |
| 2008/2009 | ЛСЮ | 35 | 35 | 31,9 | 47,2 | 38,8 | 74,5 | 5,5 | 2,1 | 1,6 | 0,4 | 2,0 | 1,8 | 21,1 |
В регулярном сезоне НБА | Сезон | Команда | И | ИС | МИН | ПП% | 3О% | ШБ% | ПДБ | ПРД | ПРХ | БЛ | ПФ | ПТР | ОЧК |
| 2009/2010 | Нью-Орлеан | 73 | 17 | 25,6 | 45,1 | 37,4 | 81,4 | 2,9 | 1,6 | 0,8 | 0,2 | 1,7 | 1,0 | 14,5 |
| 2010/2011 | Нью-Орлеан | 46 | 0 | 16,2 | 41,0 | 37,6 | 75,8 | 2,8 | 0,9 | 0,4 | 0,1 | 1,1 | 0,8 | 7,8 |
| 2010/2011 | Сакраменто | 27 | 23 | 38,1 | 45,0 | 36,1 | 80,5 | 4,7 | 3,4 | 1,7 | 0,2 | 2,2 | 2,1 | 21,3 |
| 2011/2012 | Сакраменто | 51 | 51 | 34,9 | 43,8 | 34,5 | 86,5 | 3,7 | 1,9 | 1,4 | 0,2 | 2,2 | 1,6 | 18,7 |
| 2012/2013 | Сакраменто | 72 | 8 | 24,9 | 42,9 | 37,2 | 88,1 | 2,5 | 1,3 | 0,8 | 0,1 | 1,5 | 0,9 | 12,7 |
| 2013/2014 | Сакраменто | 46 | 26 | 24,4 | 38,1 | 31,8 | 80,8 | 2,7 | 1,0 | 0,7 | 0,2 | 1,6 | 0,8 | 8,3 |
| 2013/2014 | Бруклин | 26 | 1 | 23,8 | 41,4 | 38,0 | 80,0 | 2,8 | 1,2 | 1,0 | 0,1 | 1,4 | 1,1 | 12,3 |
| 2014/2015 | Бостон | 39 | 0 | 16,4 | 41,6 | 41,9 | 82,4 | 1,9 | 0,9 | 0,5 | 0,2 | 0,9 | 0,6 | 8,9 |
| 2014/2015 | Финикс | 9 | 0 | 9,0 | 32,5 | 10,5 | 80,0 | 1,4 | 0,2 | 0,7 | 0,0 | 0,3 | 0,6 | 3,6 |
| 2015/2016 | Хьюстон | 47 | 6 | 18,8 | 40,0 | 38,8 | 87,9 | 2,4 | 1,4 | 0,7 | 0,1 | 1,6 | 0,9 | 10,0 |
| 2015/2016 | Вашингтон | 14 | 2 | 16,0 | 39,3 | 33,3 | 76,2 | 2,5 | 1,4 | 0,9 | 0,1 | 1,2 | 0,8 | 8,4 |
| 2016/2017 | Вашингтон | 33 | 1 | 17,4 | 40,0 | 35,0 | 85,2 | 2,3 | 1,2 | 0,6 | 0,1 | 1,5 | 0,8 | 6,6 |
В плей-офф НБА | Сезон | Команда | И | ИС | МИН | ПП% | 3О% | ШБ% | ПДБ | ПРД | ПРХ | БЛ | ПФ | ПТР | ОЧК |
| 2014 | Бруклин | 10 | 0 | 12,4 | 38,9 | 23,8 | 66,7 | 1,9 | 0,1 | 0,2 | 0,1 | 0,4 | 0,2 | 5,9 |
