В мужском парном разряде Уимблдона Пирс и Континен вышли в четвертьфинал. В июле они выиграли турнир в Гамбурге. В августе Джон и Хенри взяли парный трофей на турнире в Уинстон-Сейлеме. В сентябре 2016 года Хенри повторил прошлогодний успех на турнире в Санкт-Петербурге, где в этот раз он выиграл в паре с Домиником Инглотом (Великобритания). Игра против легендарного Леандера Паеса и Андре Бегеманна продолжалась 1 час 19 минут. На чемпионском тай-брейке Континен и Инглот взяли видеоповтор на матчболе соперников и не ошиблись: мяч задел линию. И затем уже сами добились победы. Концовка сезона для пары Континен и Пирс сложилась удачно. В октябре они вышли в финал турнира серии Мастерс в Шанхае. В ноябре 2016 года Хенри Континен и Джон Пирс впервые в карьере выиграли титул на Мастерсе, который проходил в Париже. В конце 2016 года Континен/Пирс квалифицировалась на Итоговый турнир ATP в Лондоне, где играют 8 лучших пар сезона. В финале они встретились с парой Класен/Рам (7) и выиграли этот матч на чемпионском тай-брейке 2-6, 6-1, [10-8]. Отличная концовка сезона позволила Континену ворваться в Топ-10 мирового парного рейтинга и занять по итогам года 7-ю строчку. В 2016 году Континен выиграл больше всех титулов АТП среди теннисистов, выступавших в парном разряде. На его счету восемь титулов за один сезон, из которых семь завоеваны в мужских парах и один в миксте.
Рейтинг на конец года
| Год | Одиночный рейтинг | Парный рейтинг |
| 2016 | | 7 |
| 2015 | | 31 |
| 2014 | | 46 |
| 2013 | 1 674 | 128 |
| 2012 | 1 683 | 1 358 |
| 2011 | 493 | 769 |
| 2010 | 273 | 280 |
| 2009 | 290 | 248 |
| 2008 | 1 823 | 585 |
| 2007 | 1 479 | 727 |
Выступления на турнирах
Финалы челленджеров и фьючерсов в одиночном разряде (6)
Победы (5)
| Титулы |
| Челленджеры (0+8) |
| Фьючерсы (5+10) |
| Титулы по покрытиям | Титулы по месту проведения матчей турнира |
| Хард (3+11) | Зал (4+9) |
| Грунт (1+6) |
| Трава (0) | Открытый воздух (1+9) |
| Ковёр (1+1) |
| № | Дата | Турнир | Покрытие | Соперник в финале | Счёт |
| 1. | 9 августа 2009 | Вильнюс, Литва | Грунт | Тимо Ниеминен | 6-1 6-3 |
| 2. | 31 октября 2009 | Кардифф, Великобритания | Хард(i) | Янник Мертенс | 7-6(4) 7-5 |
| 3. | 27 февраля 2010 | Сараево, Босния и Герцеговина | Ковёр(i) | Александр Пейя | 6-3 7-6(4) |
| 4. | 18 сентября 2010 | Дандерюд, Швеция | Хард(i) | Тимо Ниеминен | 6-3 6-4 |
| 5. | 26 сентября 2010 | Фалун, Швеция | Хард(i) | Тимо Ниеминен | 6-3 3-6 7-6(5) |
Поражения (1)
| № | Дата | Турнир | Покрытие | Соперник в финале | Счёт |
| 1. | 11 октября 2009 | Лаймен, Германия | Хард(i) | Михал Пшисенжний | 6-3 2-6 5-7 |
Финалы турниров Большого шлема в парном разряде (1)
Победы (1)
| № | Год | Турнир | Покрытие | Партнёр | Соперники в финале | Счёт |
| 1. | 2017 | Открытый чемпионат Австралии | Хард | Джон Пирс | Боб Брайан Майк Брайан | 7-5 7-5 |
