Маркус Штокхаузен (нем. Markus Stockhausen; род. 2 мая 1957, Кёльн) немецкий джазовый трубач, композитор и музыкальный педагог.
Маркус Штокхаузен родился в семье композитора Карлхайнца Штокхаузена. Начал заниматься на трубе в 1969 году. Позже брал уроки у известного джазового трубача Манфреда Шофа. Выступал в составе различных джазовых ансамблей. Более 25 лет Маркус Штокхаузен сотрудничал со своим отцом композитором Карлхайнцем Штокхаузеном, создавшим специально для сына ряд музыкальных произведений с участием сольной трубы. Автор нескольких десятков композиций, преимущественно для камерных ансамблей, как академической, так и джазовой направленности, а также музыки к кинофильмам. За свою музыкальную карьеру принял участие в записи более 60 компакт-дисков, как изданных под свои именем, так и в сотрудничестве с другими музыкантами. Записывался также совместно со своим сводным братом — композитором и исполнителем-мультиинструменталистом Симоном Штокхаузеном. Музыкально-педагогической деятельностью Маркус Штокхаузен на постоянной основе не занимается, однако периодически даёт мастер-классы.
